Υπολογιστικές μέθοδοι μακρομοριακών συστημάτων

Μάθημα: Υπολογιστικές μέθοδοι μακρομοριακών συστημάτων

  • Το πρόβλημα των μεγάλων χρόνων χαλάρωσης στα μακρομοριακά συστήματα
  • Σύντομη επανάληψη της θεωρίας των στατιστικών συνόλων με έμφαση στα μακρομοριακά συστήματα
  • Η μέθοδος της μοριακής δυναμικής (MD)
  • Η μέθοδος της μοριακής δυναμικής εκτός ισορροπίας (NEMD)
  • Η μέθοδος Monte Carlo (MC): Έξυπνες κινήσεις για μακρομοριακά συστήματα
  • Θεωρία μεταβατικών καταστάσεων για την ανάλυση σπάνιων φαινομένων στα μακρομοριακά συστήματα (εφαρμογή στη διάχυση μικρών μορίων μέσα από πολυμερικά γυαλιά)
  • Αδροποιημένες μέθοδοι προσομοίωσης μακρομοριακών συστημάτων
  • Η μέθοδος dissipative particle dynamics (DPD)
  • Η μέθοδος της δυναμικής κατά Brown (BD) για μακρομοριακά συστήματα
  • Μοντέλα δικτύου (π.χ., τύπου slip-link) για μακρομοριακά συστήματα

 

Course: Computational methods for macromolecular systems

  • The problem of multiple time and length scales in macromolecular systems
  • A quick introduction to Statistical Ensembles with emphasis to macromolecular systems
  • The method of Molecular Dynamics (MD)
  • The non-equilibrium molecular dynamics (NEMD) method
  • The Monte Carlo (MC) method: Novel sampling schemes for macromolecular systems
  • Transition State Theory (TST) for the analysis of infrequent events in macromolecular systems
  • Coarse-grained methods for macromolecular systems
  • The dissipative particle dynamics (DPD) method
  • The method of Brownian Dynamics (BD) for macromolecular systems
  • Slip-link and other network models for macromolecular systems